Cette période de malheurs et de difficultés voit d'abord les habitants de PIGNAN assaillis par la peste. Le village connaît, selon les textes, un certain dépeuplement. Il s'y ajoute les dévastations des routiers qui, en 1368, brûlent les faubourgs du village, c'est à dire la zone hors des remparts du Fort Viel. Ces dangers amènent la population, en majeur partie éparse dans la plaine en métairies et hameaux, à songer à s'abriter derrière des murailles solides. Les Pignanais invitent alors leurs représentants, les CONSULS, à négocier avec les cinq principaux seigneurs du village pour obtenir d'eux le droit de construire une nouvelle enceinte beaucoup plus grande que l'ancienne. Après d'âpres discussions et recours à l'arbitrage du seigneur de Murles un accord est trouvé en 1386 . C'est ainsi que va naître un nouveau Pignan, à l'abri de murs neufs dont la Tour de l'Horloge est l'un des principaux vestiges.
L'église St Etienne située dans la campagne est remplacée, comme église paroissiale, par l'église Notre Dame, aujourd'hui en ruines, non loin de la Mairie.